mercredi 04 février 2015
L'été dernier, l'Institut Gustave Roussy (IGR) a initié la mise au point d'un logiciel d'analyse des données génomiques pour optimiser ses diagnostiques en cancérologie. Le professeur Eric Solary, directeur de la recherche de l'IGR, explique en quoi l'entrée du big data à l'hôpital implique de relever de nouveaux défis.
AUTEUR
Eric Solary, est médecin, professeur d'hématologie à l'université Paris-Sud, directeur de la recherche à Gustave Roussy, et président du conseil scientifique de...
L'analyse du génome des cellules cancéreuses, désormais accessible en quelques jours à partir d'un prélèvement tumoral, est une rupture technologique qui met à la disposition des médecins un volume d'informations considérable. Ces "big data", dont l'analyse modifie en profondeur la prise en charge du cancer, génèrent dans les hôpitaux un certain nombre de défis.Un nouveau métier, celui de bio-informaticien
Le premier est la mise en place de nouveaux circuits : le chirurgien ou le radiologue prélèvent des fragments de la tumeur, l'anatomopathologiste valide, le biologiste extrait les acides nucléiques. Jusqu'ici, une procédure des plus classiques. La génération des "big data" par l'analyse du génome des cellules de l'échantillon nécessite en revanche des compétences nouvelles : certains hôpitaux les développent en interne, d'autres sous-traitent le service. Il faut alors extraire de ces données une information pertinente. L'ADN de nos cellules code plus de 20 000 gènes. Un nouveau métier, celui de bio-informaticien, a pour objet d'identifier les altérations de ces gènes dans les cellules malades. Le nombre des altérations dans une tumeur donnée varie de quelques-unes à plusieurs milliers. Le bio-informaticien doit convertir cette masse d'informations en un message que le biologiste valide et transmet au thérapeute.
Choisir, parmi les altérations du génome, celles qui guideront le traitement constitue le défi suivant. En effet, les altérations détectées n'ont pas toutes la même importance. Certaines ont un rôle dans l'apparition ou la progression de la tumeur, d'autres non. Les résultats transmis par le biologiste sont disséqués lors de réunions de concertation pluridisciplinaires dans lesquelles les médecins de différentes spécialités définissent ensemble la meilleure stratégie thérapeutique à proposer. La mise en place d'essais cliniques favorise l'accès au traitement le plus pertinent.
Partager les données à l'international
Les données issues de l'analyse du génome des cellules normales, utilisées comme contrôles, contiennent elles aussi des informations utiles. Elles peuvent révéler une susceptibilité particulière aux effets toxiques d'un médicament, conduisant à l'éviter ou à adapter la dose. Elles pourraient aussi révéler des prédispositions génétiques à d'autres maladies : en pratique, celles-ci ne sont pas recherchées mais ce sujet soulève des questions d'éthique encore non résolues.
Les données générées doivent ensuite être conservées dans les meilleures conditions de sécurité et de confidentialité. Ce qui n'interdit pas de les partager de façon anonyme : la mise en commun de ces données au niveau international est indispensable pour progresser plus rapidement dans la prise en charge efficace des patients.
Les hôpitaux français s'efforcent de relever ces défis. Le dernier n'est cependant pas le moindre : le plan cancer 3 prévoit le séquençage du génome de 60 000 tumeurs. Cet objectif a un coût. A l'heure où le président Obama fait de la médecine de précision une priorité pour 2015, quelles sont nos ressources en la matière ?
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